Tillsynsmyndigheter är NTM-centralen (regional miljöcentral) och kommunens miljömyndighet (MSL 22 §). Deras befogenhet sammanfaller med tillståndsmyndighetens befogenhet.

NTM-centralen utarbetar en tillsynsplan för tillsynspliktiga verksamheter i verksamhetsområdet. I tillsynsplanen presenteras målen för tillsynen, tillsynspraxis och tillgängliga resurser. Miljötillståndspliktiga instanser delas in i fyra tillsynsklasser. Djurskyddet har vanligen tillsynsklasserna III–IV. Inspektionsfrekvensen beror på tillsynsklass.